（1）要质还是要量：认定办法中对知识产权采取了量化的方式，虽然进行了分类评价，但依然没有考虑到不同行业、不同规模的企业在获得知识产权类型及时间节点的问题，如生物医药类企业基本以发明专利为主但授权时间较长，软件开发类企业多以软著为主，但评价分数并不占优，应考虑不同行业知识产权的分布情况进行综合评价。同时单纯的量化指标也催生了大量的垃圾专利，违背了科技创新的初衷，造成了公众资源的浪费，企业无故的付出，催生了一批以编造知识产权为生的公司。
（2）时效性：企业的研发过程是一个相对系统的活动，只有研发活动的存在才会有知识产权的产生，应紧紧围绕研发活动及主营业务进行知识产权规划，知识产权应该与研发活动紧密关联，而不应该脱离研发活动。所以企业有规范的研发项目管理是前提，知识产权的获得一般不早于研发项目立项初始时间。
（3）权利人共有：企业研究开发的过程通常不能自己独立完成，社会的发展形成了专业化分工，这样有利于提升效率。多数情形是通过委托开发、合作开发或集中开发形成研发项目主体，那么就会产生2个以上权利人共有的情形，那么这种形式获得的知识产权在评价时不应降低分值，原因在于一是鼓励合作研究开发，二是强化专利权人的署名意识。
（4）获得方式：在获得方式上无论是自主研发、受让、受赠还是并购都是获得知识产权的重要路径，而不能因为获得方式的不同而区别对待，这样有利于知识产权的运用和管理，而不会造成知识产权资源的闲置浪费。通过市场交易进行对价有利于企业重视高价值专利的培育，减少垃圾专利的产生，所以我们需要额外关注的是价值较低或关联度较差的知识产权的转移，而不是转移行为本身。
2）科技人员
（1）人员占比：科技人员占企业职工总数比例，是判断企业是否为技术密集型的重要标准，而高学历科技人员的构成，则是判定知识产权密集型企业的一个重要指标，研究开发过程中最重要的投入就是智力投入。在中小型企业中尤其是100人以下企业中，研发人员占比通常容易达到指标，但100人以上企业中就很难达到相应指标，容易被一票否决，那么规模以上（例如上市公司）的研发生产企业在人员比例方面就不占据优势。
3）研发费用
（1）研发费用投入强度：在没有可期的经济效益或社会效益情况下，一般企业倾向于减少研发费用的发生，利用较低的研发成本获得较高收益。例如独立开发能力欠缺的情况下采取委托开发方式，前期采取跟随战略进行模仿（仿制药），这些都是市场经济下正常的行为，前提是符合相关政策法规。研发投入的高低能否证明企业的创新能力呢？显然不是，例如研发投入分别为5元和10元，但产生的收益均为100元，那么这两种情况下，哪个更有价值？很显然是投入5元产出100元更符合市场行为，但导入到高企指标中，5比100，与10比100，后者研发比例更高，反而得到优待，这样的情形下我们需要重新考虑指标的合理性。
（2）研发投入产出的周期性：研究开发是一个验证可行性的科学行为，面临较大的风险和不确定性，新产品的诞生初期以研究开发投入为主，当期并不会产生较大的收益，不同行业有不同的行业周期，一般在半年到五年之间不等，如软件类可能在半年甚至更短，生物医药类可能在5年或更久，那么在这种情况下，以研发费用占收入比例进行判定则有些偏颇，背离了政策具有引导性的初衷。
（3）研发费用构成：研究开发活动是为获得科学与技术新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、产品（服务）、工艺而持续进行的具有明确目标的活动。在这个活动中主要分为研究阶段和开发阶段，研究阶段目的在于通过前期的市场调研、技术调研、产业分析等降低开发风险，提高效益，好的研究开发工作通常会在研究阶段投入大量的人力物力和财力；开发阶段主要涉及到材料投入、仪器设备无形资产摊销、检验检测调试费，以及直接相关的辅助费用，如咨询费、知识产权费、会议费，知识产权中相关专利检索费、分析评议费、代理费、诉讼费等与企业研究开发紧密相关的费用是否可以从其他费用中摘出来是值得考虑的。
（4）委托开发费用：由前文引出的开发方式，为了鼓励企业开展多种形式的技术交流活动，应考虑取消“委托外部研究开发费用的实际发生额应按照独立交易原则确定，按照实际发生额的80%计入委托方研发费用总额”内容，原因在于一鼓励多种形式技术合作，多维度创新，二是便于财务核算及评价，引导研发投入。
